A. 公司中小股东如何保护自己的合法权益之股东诉讼
加强对中小股东的利益保护，控制大股东的权利滥用是当代公司法的基本价值取向。中小股东可以通过以下措施和制度保护自己的权利：(1)可以查阅公司会计账簿。(2)可以申请人民法院确认股东会、董事会决议无效，或申请撤销股东会、董事会决议。当股东会、董事会的召集程序，表决方式违反法律、行政法规规定或者公司章程，或者决议内容违反公司章程时，股东可以自作出决议之日起60日内请求人民法院予以撤销。(3)可以要求退股。公司连续5年盈利，并符合公司法规定的分配利润条件，但不向股东分配利润的，对股东大会该项决议投反对票的股东可以要求公司以合理价格收购其股权。股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以向人民法院提起诉讼。(4)特殊情况下股东可以申请法院解散公司。(5)可以提起直接诉讼。(6)可以提起股东代表诉讼。当公司董事、经理等高级管理人员或者公司以外的他人侵犯了公司权益，给公司造成了损失而公司不予追究时，股东可以以自己的名义依法向人民法院提起诉讼，以维护公司和自身的权益。法律依据：《中华人民共和国公司法》第二十二条公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。股东依照前款规定提起诉讼的，人民法院可以应公司的请求，要求股东提供相应担保。公司根据股东会或者股东大会、董事会决议已办理变更登记的，人民法院宣告该决议无效或者撤销该决议后，公司应当向公司登记机关申请撤销变更登记。
B. 从股东的角度分析,中小股东如何保护自己的合法的投资利益
1、完善法律制度 法律是寻求中小股东利益保护的根本。从目前来看，现有法律对保护中小股东利益是远远不够的，需要从多方面对法律进行补充和完善。应该把保护中小股东利益用法律条款明确表述，使中小股东的利益保护可以依法进行。 措施：一加强法律可操作性，尽快完善各项法律详细的实施细则，例如有关重大经营信息披露和重大关联交易的规定与责任要有更加细致的实施细则；二是要加强违法违规行为的法律责任追究。三是完善审计法律制度，严格要求，打造中国企业的信誉
2、实施股权分置，加大流通股比例 适当分散一股独大不合理的股权结构，使大股东不能靠高投票权来一意孤行，损害中小股东的利益，通过股改的方式，减持国有股，并逐步上市流通，新股发行应加大流通股的比例。目前，股改正轰轰烈烈进行，相信一股独大的局面将有所改善。
3、完善独立董事制度 2008年金融危机以后，世界各国加紧实施了独立董事制度。独立董事的职权与一般董事相同，他不但可通过客观行使董事职权的方式来监督公司的运作，并且可透过其积极的参与各种委员会运作来影响公司的决策与经营。独立董事在上市公司中的引入，在很大程度上是为了保护中小股东的利益。
4、培育和规范发展机构投资者 注重发展基金这类机构投资者，积小成大，力往一处使。这样可以有效制约大股东，保护中小股东利益。
5、中小股东积极维护自身利益 中小股东积极参与对自己利益的保护，主动维护自身的权益非常关键。特别要学会用法律的手段来保护自己的利益。
6、加强对管理层的监管 增加中小股东在董事会中的代表人数，增加独立董事在董事会中的比例，要让债权人的利益代表进入董事会，要明确董事会成员的民事责任。