A. 公司中小股東如何保護自己的合法權益之股東訴訟
加強對中小股東的利益保護，控制大股東的權利濫用是當代公司法的基本價值取向。中小股東可以通過以下措施和制度保護自己的權利：(1)可以查閱公司會計賬簿。(2)可以申請人民法院確認股東會、董事會決議無效，或申請撤銷股東會、董事會決議。當股東會、董事會的召集程序，表決方式違反法律、行政法規規定或者公司章程，或者決議內容違反公司章程時，股東可以自作出決議之日起60日內請求人民法院予以撤銷。(3)可以要求退股。公司連續5年盈利，並符合公司法規定的分配利潤條件，但不向股東分配利潤的，對股東大會該項決議投反對票的股東可以要求公司以合理價格收購其股權。股東與公司不能達成股權收購協議的，股東可以向人民法院提起訴訟。(4)特殊情況下股東可以申請法院解散公司。(5)可以提起直接訴訟。(6)可以提起股東代表訴訟。當公司董事、經理等高級管理人員或者公司以外的他人侵犯了公司權益，給公司造成了損失而公司不予追究時，股東可以以自己的名義依法向人民法院提起訴訟，以維護公司和自身的權益。法律依據：《中華人民共和國公司法》第二十二條公司股東會或者股東大會、董事會的決議內容違反法律、行政法規的無效。股東會或者股東大會、董事會的會議召集程序、表決方式違反法律、行政法規或者公司章程，或者決議內容違反公司章程的，股東可以自決議作出之日起六十日內，請求人民法院撤銷。股東依照前款規定提起訴訟的，人民法院可以應公司的請求，要求股東提供相應擔保。公司根據股東會或者股東大會、董事會決議已辦理變更登記的，人民法院宣告該決議無效或者撤銷該決議後，公司應當向公司登記機關申請撤銷變更登記。
B. 從股東的角度分析,中小股東如何保護自己的合法的投資利益
1、完善法律制度 法律是尋求中小股東利益保護的根本。從目前來看，現有法律對保護中小股東利益是遠遠不夠的，需要從多方面對法律進行補充和完善。應該把保護中小股東利益用法律條款明確表述，使中小股東的利益保護可以依法進行。 措施：一加強法律可操作性，盡快完善各項法律詳細的實施細則，例如有關重大經營信息披露和重大關聯交易的規定與責任要有更加細致的實施細則；二是要加強違法違規行為的法律責任追究。三是完善審計法律制度，嚴格要求，打造中國企業的信譽
2、實施股權分置，加大流通股比例 適當分散一股獨大不合理的股權結構，使大股東不能靠高投票權來一意孤行，損害中小股東的利益，通過股改的方式，減持國有股，並逐步上市流通，新股發行應加大流通股的比例。目前，股改正轟轟烈烈進行，相信一股獨大的局面將有所改善。
3、完善獨立董事制度 2008年金融危機以後，世界各國加緊實施了獨立董事制度。獨立董事的職權與一般董事相同，他不但可通過客觀行使董事職權的方式來監督公司的運作，並且可透過其積極的參與各種委員會運作來影響公司的決策與經營。獨立董事在上市公司中的引入，在很大程度上是為了保護中小股東的利益。
4、培育和規范發展機構投資者 注重發展基金這類機構投資者，積小成大，力往一處使。這樣可以有效制約大股東，保護中小股東利益。
5、中小股東積極維護自身利益 中小股東積極參與對自己利益的保護，主動維護自身的權益非常關鍵。特別要學會用法律的手段來保護自己的利益。
6、加強對管理層的監管 增加中小股東在董事會中的代表人數，增加獨立董事在董事會中的比例，要讓債權人的利益代表進入董事會，要明確董事會成員的民事責任。