1. 大股東收購小股東的股份。怎麼做憑證，請看問題補充
B股東的權益不能轉到公司名下，除非是減少注冊資本，按照減資處理
2. 董事長利用職權收購小股東股權，我的權益是怎麼保證，我還能堅持25%的權益嗎。
自行協商。
具體情況網上說不清楚，不要追問，更不要來電。如有問題，請在線下委託你們當地律師處理（自己擅自處理案件，後果自負）。以上回答，僅供參考，不可作為實際案件的處理依據。
幫助免費，智慧有價。我在虛擬的網路上給你回答問題是免費幫助，但免費幫助不能代替有價的智慧 —— 想在現實中處理好你的事情，你必須支付智慧的對價。
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本律師事務繁忙，時間寶貴，也不缺錢。如無委託意向，謝絕單純以「打探情況」或者「貨比三家」為目的的、無誠意的「咨詢」。
想吃「免費午餐」的，請您繞道——免費的東西，小心好吃難消化——如果確實生活困難，請聯系當地司法局下屬的法律援助中心，依法申請法律援助。
3. 收購少數股東權益的會計處理~~~
少數股東權益只有在合並財務報表中才會體現的。90%股權，控制應該用成本法。
對於合並報表而言，抵銷後，所有者權益在收購少數股東權益後會減少少數股東權益的10%。
可以這樣理解，收購前，合並報表裡包含一塊屬於少數股東的資產，故需確認少數股東權益。收購後，這一塊資產對應你支付10%的對價，收購方真正擁有子公司所有凈資產，故少數股東權益減少10%.
換個說法：
收購少數前，對於合並報表而言，你抵掉了子公司的equity和母公司的長投，增加了子公司的資產和負債，資產大於負債的那塊是你收購90%時支付的對價和少數股東權益。
收購後，資產大於負債的那塊就是你兩次收購支付的對價了，可以理解為母公司本身的資產與所有者權益中的少數股東權益同時減少。
4. 公司被其他公司收購，小股東的權利與義務
小股東有權積極參與股東大會決議，並作出公司合並的特別決議
董事會起草的公司合並協議草案並非已經成立和生效的合同。只有當合並各方公司的股東會分別作出同意合並的特別決議後，公司才能依法成立。股東會有權對公司合並、分立、解散、清算或者變更公司形式作出決議(《公司法》第38條第1款第9項)。
公司合並對公司股東來說關系重大，公司合並屬於資本絕對多數決事項，而非資本簡單多數決事項，公司合並決議屬特別決議，而非普通決議。因此，股東會作出公司合並的決議時，必須經代表三分之二以上有限責任公司表決權的股東通過(《公司法》第44條第2款)，或者必須經出席會議的股東所持股份有限公司表決權的三分之二以上通過(《公司法》第104條第2款)。倘若公司發行了不同類別的股份，那麼公司合並決議還需得到各類股份股東以絕對資本多數決規則表示同意。
小股東有權對有瑕疵的公司合並決議尋求司法救濟
《公司法》第22條則嚴格區分了股東會決議和董事會決議的不同瑕疵，並在此基礎上分別規定了不同的救濟措施：公司決議內容違反法律、行政法規的無效；股東會會議召集程序、表決方式違反法律、行政法規或者公司章程，或者決議內容違反公司章程的，股東可以自決議作出之日起六十日內，請求人民法院撤銷。有此制度設計，控制股東及其一致行動人在行使表決權、企圖坑害公司和股東利益之前不得不三思而行。
小股東有權對無效的公司合並協議尋求司法救濟
違反《公司法》、《合同法》和其他法律、行政法規中強制性規定的公司合並協議無效。鑒於公司合並涉及多方公司及其股東、職工、債權人等利益相關者的切身利益，公司合並無效只能由法院通過司法審查程序予以確認。公司合並中的小股東均可向法院提起公司合並無效確認之訴。
望採納
http://jjckb.xinhuanet.com/opinion/2012-09/04/content_398903.htm
5. 公司並購，小股東該如何維護自己權益
股份轉移需要全體股東簽字的，包括用B公司資產注冊新公司，即股東會100%通過，只要B的小股東不簽字即可。